Se você não quiser escrever código de substituição nativo do Windows para onde você usa ioctl() . Você precisará compilar e vincular com Cygwin ou MSYS(2) runtimes. Eu não sei o quão bem o ioctl() é emulado.
Se você seguir esse caminho, você deve estar ciente de que não pode mais compilar com uma cadeia de ferramentas MinGW sozinha. E você precisará usar vinho se não me engano.
Recomendamos que você comece a experimentar com MSYS2 . E testar seu código em um ambiente Windows real é obrigatório.