filereadable() ou isdirectory() seria escolhas melhores que findfile() - a última pesquisa em um conjunto de diretórios. BTW, findfile() não retorna nada (uma string vazia) no meu sistema para ~/.vim
No entanto, isdirectory() não pode processar ~/ , mas fnamemodify() vem para o resgate.
if isdirectory(fnamemodify('~/.vim/autoload', ':p'))
execute pathogen#infect()
endif
isdirectory($HOME.'/.vim/autoload') teria funcionado bem.