O NixOS faz algo nesse sentido, mas não pelas razões citadas. Ele ainda cria links simbólicos em /usr e /lib etc, porque é assim que um sistema Linux opera . Se não o fizessem, precisariam de% rid longamente PATH , MANPATH , LD_LIBRARY_PATH e outras variáveis.
O NixOS tem boas razões para querer colocar aplicativos em seu próprio diretório, mas torna o sistema muito mais complicado de entender, e meu palpite é que essa é uma das razões pelas quais não é uma distribuição tão popular.
Em geral, você parece querer aplicar os conceitos de um sistema operacional a outro, e isso nunca é uma boa ideia. Não faça isso.