O manual pip installs não satisfará as dependências do RPM e poderá entrar em conflito (no sentido de presença de arquivos, não em qualquer sentido do RPM) com pacotes fornecidos pelo fornecedor ou pelo repositório, dependendo do que foi instalado Onde. As dependências fazem parte dos pacotes RPM e geralmente são agrupadas em bancos de dados, por exemplo, yum e assim por diante.
Um yum install python-boto funciona sem falha no meu sistema de teste RHEL6 + EPEL, por isso não sei ao certo o que você fez que causaria os erros listados. Você também está usando repositórios de pacotes além do EPEL? Eu definitivamente vi conflitos entre pacotes para hosts que tinham ambos EPEL e outros repositórios de pacotes habilitados, e tive que desinstalar manualmente e reinstalar pacotes para corrigir conflitos de instalação e erros decorrentes de tais hosts de repositório habilitados para múltiplos (por exemplo, hosts com ambos EPEL e rpmfusion neles).
O manual pip install também pode complicar as coisas; se eu fizer pip installs, eu faço isso em um diretório home, ou definitivamente não em qualquer espaço de fornecedor usado pelo RPM.