Esta é uma pergunta antiga, então não tenho certeza se você ainda precisa da resposta, mas no caso de ajudar alguém, aqui está o que funcionou para mim com o Eclipse Mars e o Fedora 24.
Você precisa executar o Eclipse usando o GTK 2 e alterar as cores da dica de ferramenta no tema GTK escolhido. Meu tema é o Zukitre / então eu editei o arquivo gtkrc aqui:
sudo vi '/usr/share/themes/Zukitre/gtk-2.0/gtkrc'
Encontre a linha que define tooltip_bg_color e tooltip_fg_color e altere-a da seguinte forma:
gtk-color-scheme = "tooltip_bg_color:#f5f5c5\ntooltip_fg_color:#000000" # Tooltips.
Em seguida, execute o eclipse usando o GTK2 definindo a seguinte variável de ambiente:
export SWT_GTK3=0
Espero que ajude alguém com este problema enfurecedor! Felicidades