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Não há necessariamente um relacionamento direto entre uma partição e um sistema de arquivos. Uma instalação Linux ou qualquer sistema operacional pode abranger várias partições. Um sistema de arquivos não é inerentemente um sistema de arquivos raiz ou não raiz. Qualquer sistema de arquivos pode ser potencialmente o sistema de arquivos raiz. Qualquer sistema de arquivos desmontado pode ser montado em qualquer parte do sistema de arquivos raiz atual. Qual sistema de arquivos é o root geralmente muda durante o estágio inicial do processo de boot (de um virtual baseado em ram para o físico selecionado).
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Sim, um sistema de arquivos é de fato uma maneira de organizar arquivos de dados em uma hierarquia de diretórios.