Isso deve acontecer, eu acho. Apenas passe o awk pelo caminho completo do diretório no qual você deseja que o arquivo seja criado / atualizado.
awk -F';' -v path=/path/to/alt/directory/ 'NR==1{h=$0; next}
!seen[$3]++{f= path "FILE_" $3 ".txt";print h > f}
{print >> f}' $input