Se você tiver excluído uma pasta por acidente, basta restaurá-la a partir de seus backups.
Se você não tiver nenhum backup, não deverá excluir pastas aleatórias em primeiro lugar.
Além disso, muitas vezes é suboptimal seguir o conselho aleatório da internet, sem pensar em suas conseqüências. Uma boa leitura sobre este tópico é DontBreakDebian (o Ubuntu é baseado no Debian; mas tenha em mente que os dois não são mesmo ).
Finalmente: o arquivo /var/lib/apt/lists/lock (não pasta) é somente usado por apt (e seus diversos frontends). Ele ajuda a impedir que várias instâncias de apt sejam executadas em paralelo (para impedir que você instale pacotes enquanto outro processo de instalação está em execução - o que poderia levar a um banco de dados de pacotes inconsistente).
O software que não está relacionado ao gerenciamento de pacotes não funcionará mais estável ou instável se esta pasta estiver faltando (ou não).
Então o seu problema real (travamentos do sistema, ...) não está relacionado a esta pasta.