ssh-copy-id é na verdade um script de shell, como pode ser visto:
$ which ssh-copy-id
/usr/bin/ssh-copy-id
$ file /usr/bin/ssh-copy-id
/usr/bin/ssh-copy-id: POSIX shell script, ASCII text executable
É um script bastante simples e o caminho .ssh/authorized_keys é codificado como o script não está escrito para lidar com locais não padrão para o arquivo authorized_keys , ou seja, ele sempre copiará as chaves em authorized_keys em ~/.ssh .
Manter a convenção geralmente é uma prática recomendada, mas se você tiver um bom motivo para usar um caminho não padrão, tente editar o script para substituir .ssh/authorized_keys por seu próprio local personalizado.