Use o meu favorito one-liner:
cd directory-A
for i in *p90; do f2py -h ${i%.p90}.pyf -m ${i%.p90} $i; mv ${i%.p90}.pyf directory-B; done
Você tem que entender que a "extensão" é apenas uma parte estranha de um nome de arquivo em sistemas operacionais unix-like e não tem nenhum tratamento especial.
Você pode precisar mexer com aspas no one-liner se houver espaços ou outros símbolos estranhos em nomes de arquivos.