Isso pode não ser uma prática recomendada, mas eu geralmente crio um novo grupo para o site, adiciono os usuários ao grupo incluindo o daemon do servidor web (apache no meu caso), altero as permissões no diretório do site e defino grupo sticky bit.
Exemplo:
Site dir: / var / www / site1
# groupadd site1
# useradd -G site1 user1
# useradd -G site1 user2
# useradd -G site1 apache
# chown -R apache:site1 /var/www/site1
# chmod -R 770 /var/www/site1
# chmod -R g+s /var/www/site1