O que eu sempre recomendo para as pessoas (e poucas parecem gostar) não é. Não vá para um programa de aprendizado Linux "estruturado". Todo mundo que tenho visto é, na melhor das hipóteses, uma caminhada profunda em como fazer uma coisa de um jeito. O que você deve tentar fazer é aparecer com pessoas que fazem algo perto do que você está fazendo. Tente um LUG local (grupo de usuários do Linux). Ou voluntário em um departamento de TI em uma instituição de caridade ou sem fins lucrativos. Basicamente favorecem a experiência real sobre o aprendizado estruturado.
Dito isso, é útil manter alguns sites ou referências que você pode consultar o tempo todo.
Tente encontrar um projeto em que você possa participar de um cargo "júnior" e aprender com isso. Você vai acabar com muito mais conhecimento e experiência utilizável do que qualquer outro curso ou material de leitura pode oferecer.