A execução de um script de shell inicia um processo de Bash como um shell não interativo . Nesse modo, a expansão da história não é realmente executada. Na página de manual do Bash, man bash
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HISTORY EXPANSION
The shell supports a history expansion feature that is similar to the history expansion in csh. This section describes what syntax features are available. This feature is enabled by default for interactive shells, and can be disabled using the +H option to the set builtin command (see SHELL BUILTIN COMMANDS below). Non-interactive shells do not perform history expansion by default.
Eu não vi nenhuma menção de ter um script salvar seus comandos no arquivo de histórico do Bash, mas nunca vi isso acontecer na prática.
Estou assumindo que você execute seus scripts da maneira padrão (como um arquivo executável contendo comandos shell ou fornecendo o nome do script como argumento para um comando bash). Se não estou interpretando sua pergunta corretamente, você poderia editar sua pergunta para esclarecer?