rsync --… oldroot/etc etc copia o diretório de origem etc para um subdiretório do diretório de destino, portanto, um arquivo oldroot/etc/foo é copiado para etc/etc/foo . Se você quiser copiar um diretório para um diretório com o mesmo nome, especifique o pai do diretório de destino:
rsync -a oldroot/etc .
Se você quiser copiar um diretório para outro diretório, diga ao rsync para copiar o conteúdo do diretório de origem no diretório de destino, anexando uma barra à fonte. (Uma barra no alvo não faz diferença.)
rsync -a oldroot/etc/ etc