Você pode especificar vários diretórios em grep
:
grep -r "string" app/assets/javascripts spec/javascripts
Alternativamente - às vezes é mais útil listar arquivos para grep por find
e, em seguida, grep-los, por exemplo
find app/assets/javascripts spec/javascripts -type f -print0 |
xargs -0 grep "string"
ou
find app/assets/javascripts spec/javascripts -type f -exec grep -H "string" {} +