Se você quer dizer que você fez uma mudança no xmodmap e subsequentemente a mudança está funcionando apenas para o alt correto, isso pode ser porque você precisa limpar as configurações atuais para a tecla modificadora alt esquerda antes de fazer a mudança.
Algo parecido com isto:
clear Mod1
add Mod1 = Alt_L Alt_R
documentação aqui: https://wiki.archlinux.org/index.php/Xmodmap
Se você quer dizer que apenas uma tecla alt está funcionando inicialmente, antes que algo seja alterado com xmodmap, talvez a única tecla alt seja configurada como 'alt'. Em teclados de maçã inglesa um alt é configurado como uma chave de terceiro e quarto nível, que permite escolher formas de letras alternativas no teclado, por exemplo, 'ß' com a tecla 's'.