find / -type f -atime +90
listará todos os arquivos que não foram lidos em pelo menos 90 dias, se o seu sistema rastrear os tempos de acesso aos arquivos.
Tenha em atenção que os sistemas Linux modernos não monitorizam os tempos de acesso aos ficheiros por predefinição, pelo que a saída deste comando de um sistema típico não é útil. Para ativar o rastreamento de tempo de acesso a arquivos, execute o comando
mount -o remount,atime /
Aguarde um mês ou mais e execute novamente o comando find para ver qual o tempo de acesso dos arquivos atualizado.
Note que é difícil conseguir isso para diretórios. A simples listagem do conteúdo de um diretório atualizará seu tempo de acesso - o comando find acima deve ler todos os diretórios, para que todos os tempos de acesso sejam atualizados.