Sempre há a possibilidade de algo dar errado com os arquivos durante ou após o trânsito, embora, no seu caso, seja mais provável que esteja no ponto em que as coisas são gravadas na fita.
Se o esforço extra justificar, eu calcularia as somas MD5 ou SHA1 / SHA256 para os arquivos na sua caixa Linux e faria isso novamente na caixa do Windows na qual a unidade de fita está conectada. Eu usei o MD5 no Windows em algum momento, e suponho que os executáveis para o SHA também estejam disponíveis. Se você não conseguir encontrar um executável, instale o Python na máquina windows e use:
python -c "import hashlib; print hashlib.md5(open('xyz').read()).hexdigest();"
(substituindo xyz
pelo nome do arquivo).
Melhor, é claro, executar a verificação MD5 depois de ler os arquivos de volta, mas isso leva um tempo extra.