Se a Oracle tiver uma postura oficial em sua documentação, provavelmente vale a pena seguir isso. Alternativamente, você pode compará-lo com HT e desativar para determinar qual é o melhor para sua aplicação.
Para CPUs Intel, o hyperthreading faz com que um núcleo físico se apresente como dois núcleos lógicos para o sistema operacional. O hardware é um núcleo físico com certos componentes do núcleo duplicados enquanto outros componentes são compartilhados. As tarefas que gastam mais tempo nos componentes duplicados terão melhor desempenho com o HT ativado e as tarefas que passarem mais tempo nos componentes compartilhados terão melhor desempenho com o HT desativado. Haverá também problemas de desempenho com base no seu agendador de kernel (se ele for velho o suficiente para não ser HT, pode não fazer uso eficiente de seus núcleos) e problemas de cache se os núcleos lógicos não estiverem funcionando com regiões de memória semelhantes compartilhe os caches L1 e L2, o que pode fazer com que cada núcleo lógico cause falhas de cache para o outro.
Dadas as questões acima, é possível que o HT aumente o desempenho em um modesto 15-30%, mas também é possível que ele diminua o desempenho, mas você provavelmente precisará fazer um benchmark para saber com certeza.