Isso substituirá seqüências de 2 ou mais espaços por um comando e os mesmos espaços menos um:
sed 's/ \( \+\)/,/g' file.txt
Ele falhará se houver apenas um espaço entre as colunas.
Se você quiser apenas ", "
como o separador de campo:
sed 's/ \{2,\}/, /g' file