Primeiro: sua saída desejada deve ser:
y2 x2
y4 x4
y5 x5
y6 x6
porque "x3 y3" e "x1 y1" estão presentes nos dois arquivos
para obter linhas que estão presentes no arquivo 1 só você pode simplesmente fazer
grep -v -f file1 file2
Da página man
-v
--invert-match
Invert the sense of matching, to select non-matching lines. (-v is specified by POSIX.)
-f file
--file=file
Obtain patterns from file, one per line. The empty file contains zero patterns, and therefore matches nothing. (-f is specified by POSIX.)