Coloque o conteúdo de cada script em uma função e pronto. Trate essas funções como se fossem seus scripts (você pode iniciar as funções com argumentos). Por exemplo,
function transform2new() {
# here the code from script one
}
function transform2old() {
# here the code from script two
}
# here comes the new super script, that reads the arguments and the option:
if [ "$1" = "-n" ]; then
transform2new "$1" "$2"
elif [ "$1" = "-o" ]; then
transform2old "$1" "$2"
fi