Seu arquivo ainda está lá. Você só alterou o caminho e o nome do arquivo, pois só executa o comando mv e não rm . Seu arquivo original deve estar em /fullchain.pem .
Você moveu o arquivo fullchain.pem de seu caminho original /etc/letsencrypt/live/fullchain.pem para / e é por isso que você não pode mais vê-lo na tela principal.
Basta executar $ mv /fullchain.pem /etc/letsencrypt/live/