Eu estava tentando criar o próprio R e colocá-lo em uma pasta temp_R , fornecendo um comando como ./configure --prefix=/dir/where/I/wanted/to/put/R . Mas parece que algumas das coisas importantes foram colocadas na pasta temp_R da mesma forma.
Devo ter extraído o arquivo para a pasta onde eu queria ter o R antes de compilar, ou que outra solução devo usar?
Quando você executa ./configure --prefix ... , normalmente coloca todos os arquivos no diretório que você acabou de baixar. A opção --prefix é utilizada durante as etapas make e make install executadas posteriormente.
Principalmente, a etapa make install instalará todo o software que a etapa make compilou nos locais derivados de --prefix /some/path .
Sim, você deve ter extraído para a pasta em que você queria os arquivos antes de compilá-los. O compilador apenas coloca os arquivos onde o arquivo foi extraído, se nenhum destino específico foi dado.