Se o seu arquivo de configuração for criado usando [header] lines seguido por variable=value lines, você poderá usar o seguinte comando para obter todos os valores de uma seção específica:
sed -n '/^\[header\]/,/^\[/p' /path/to/file.cfg|grep -vE '?\s?[;#]'
A parte sed filtrará todas as linhas de [header] até (e incluindo) a próxima linha, começando com um caractere [ . O comando grep filtrará as linhas que têm ; ou # como caractere inicial.
Em vez de sed, você pode usar awk . Com base em uma resposta anterior à pergunta link :
awk '/\[header\]/{print; flag=1; next}/\[/{flag=0}flag' file.cfg
Você pode acrescentar o comando grep como acima se quiser filtrar as linhas comentadas.