existe um hack hex para o libflashplayer. você pode tentar o link para uma versão possível.
a idéia é abrir libflashplayer.so ou libgcflashplayer.so e procurar por _NET_ACTIVE_WINDOW e substituir uma das letras, por exemplo, por _AET_ACTIVE_WINDOW
que corrigirá o problema de fechar o flash em tela cheia ao perder o foco