Eu não sei porque um aplicativo "baseado no Debian" teria seu código-fonte no formato RPM. Como você está baixando o código fonte? Geralmente no Debian você pode fazer isso com:
# apt-get source <package_name>
Supondo que o pacote esteja nos repositórios, é claro. Se você quer dizer que baixou o código-fonte como um RPM fonte de, digamos, um site de um projeto, você sempre pode instalar o rpm2cpio
em sua máquina Debian e extrair o pacote:
# apt-get install rpm2cpio
# mkdir extracted_source_package
# mv blah.rpm extracted_source_package
# cd extracted_source_package
# rpm2cpio blah.rpm | cpio --extract --make-directories --verbose
Referência