Se você executasse o comando executado em seu script init.d com '&' após o término do comando, ele se tornará um processo em segundo plano e os próximos serviços poderão ser iniciados.
Se você quiser que o script seja executado como a etapa final (ele ainda bloquearia se não fosse o plano de fundo) de seu processo de inicialização, você poderia executá-lo por meio de /etc/rc.local (ou sua distro equivalente se você não usa) t tem um ...)