/etc/cron.d não é um link simbólico na minha caixa do CentOS 5.x:
drwx------ 2 root root 4096 Feb 5 2013 /etc/cron.d
Então, se estiver totalmente ausente, você poderá restaurá-lo com:
# install -d -m 700 -o root -g root /etc/cron.d
Se houver algo mais em seu lugar, você poderá removê-lo do caminho, recriar o diretório e, em seguida, mover as coisas de volta no lugar.
Para obter uma lista de todos os arquivos supostos a serem instalados lá, diga:
# rpm -qla | grep /etc/cron.d
Dizer rpm -qf filename dirá qual pacote é o proprietário desse arquivo e, portanto, qual pacote você pode reinstalar para restaurar esse arquivo.