Esse tipo de coisa (padronização de ícone) é um nível muito alto para ser incluído em especificações unix ou posix, o que é uma coisa boa, porque ninguém quer ver várias implementações e distribuições envolvidas no tipo de combate em conflito. com, digamos, padronizar as operações do navegador, etc.
No entanto, dentro de alguns subgrupos razoavelmente grandes do mundo * nix, há tentativas frouxas de fazê-lo. O link que você postou é do freedesktop.org - você pode ler mais sobre sobre eles na wikipedia . Eles foram bem-sucedidos em trazer algumas mudanças positivas, como o uso de um diretório $HOME/.config no lugar de arquivos de ponto de nível superior e o uso de diretórios de ícones.
Não sei ao certo como as bandeiras dos países se encaixariam nisso. A especificação do ícone não dita quais ícones devem ser usados para o quê, portanto, se o que você está querendo dizer é ter um diretório nessa especificação especificamente para sinalizadores, primeiro você precisa fazer com que a área de trabalho realmente tenha muito uso para tal.