O Gnome é um X Window Manager compatível com EWMH / NetWM. Você deve usar wmctrl
para interagir com as janelas que funcionam muito bem.
wmctrl -r part-of-title-string -e 0,100,200,300,400
define uma janela com "part-of-title-string" no título para largura 300, altura 400 na posição 100.200 (o 0 é para gravidade padrão).
wmctrl -r part-of-title-string -b add,above
garante que a janela esteja sempre no topo.