Infelizmente, não acho que isso seja possível. Você definitivamente não pode adicionar um arquivo como um marcador da GUI.
Os marcadores do Nautilus são armazenados em ~/.gtk-bookmarks
. Eu tentei adicionar manualmente um caminho para um arquivo de texto para esse arquivo. O arquivo de texto apareceu no painel lateral do Nautilus, mas ao clicar nele abriu a pasta contendo o arquivo de texto.