rpm -qa --last
é uma maneira fácil de descobrir quando determinado software foi instalado a partir do RPM.
rpm -qf /path/to/some/software
é bastante confiável para determinar se o software foi instalado a partir do RPM e qual RPM (a menos que seja um link simbólico).
Se não foi instalado pelo RPM, o software chegou ao seu sistema "de alguma outra forma".
Se o pacote RPM não veio através de um repositório yum, ou não: yum info <rpm-name>
exibe a partir de qual repositório o pacote RPM está disponível. Se o repositório yum estiver desativado ou o pacote RPM foi instalado manualmente, o yum listará: Repo: installed
.