Um proxy é definido usando uma variável global, mas nem todo software usa esse valor. Às vezes isso precisa ser configurado por aplicativo. Leia sobre os aplicativos mais usados aqui .
CPAN / PEAR / PECL:
pear config-set http_proxy http://username:[email protected]:8080
APT-GET:
echo 'Acquire::http::proxy "http://username:[email protected]:8080";' >> /etc/apt/apt.conf