Eu acredito que você pode soltar isso em um .htaccess onde quer que você não queira permitir a execução de scripts:
<Files *.*>
Options -ExecCGI
</Files>
Se você sabe que todos os arquivos "ruins" são nomeados de certa forma, você também pode desabilitar que eles sejam associados a um dado manipulador com isto:
<Files *.*>
RemoveHandler cgi-script .php .pl .py .jsp .asp .htm .shtml .sh .cgi
</Files>
Você também pode encerrar completamente determinados arquivos nomeados com este a partir de um diretório de nível superior:
<Directory full-path-to/dir>
<FilesMatch "\.(php?|pl|perl)$">
Order Deny,Allow
Deny from All
</FilesMatch>
</Directory>
Ou você pode bloqueá-lo com base no URL real usado para acessá-lo:
<LocationMatch "/URL/TO/FILES/.*\.(php?|pl|perl)$">
Order Deny,Allow
Deny from All
</LocationMatch>