Aqui está o que eu uso, ele não usa o ffmpeg (que está obsoleto), mas sim o avconv, uma parte do pacote libav-tools
Aqui está o que eu usei para adicionar uma marca d'água:
avconv -i input.mpg -vf "movie=watermark.png [watermark];[in][watermark] overlay=0:0 [out]" -c:v mpeg2video -c:a copy output2.mpg
Aqui estão alguns links úteis:
Teal Scientific discutindo um artigo