Primeiro, você pode remover a GUI de qualquer distro removendo os pacotes adequados.
Embora eu nunca tenha tentado usá-los para esse propósito, até onde eu posso ver os problemas que você poderia ter usando uma distribuição 100% gratuita são:
- essas distros podem não ter uma comunidade tão grande quanto o Debian / Ubuntu ou podem não ter ciclos longos de suporte (desejáveis para servidores) como o RHEL / CentOS / Debian estável. Firmware proprietário
- (necessário, por exemplo, para algumas placas de rede).