Claro que pode. Dependendo das suas necessidades específicas, você deve considerar várias coisas:
- você precisará de algum tipo de apoio ou será capaz e permitido (a longo prazo) de cuidar das coisas técnicas por conta própria? Para qualquer tipo de produção, uma distribuição "empresarial" com suporte parece ser uma opção melhor.
- qual arquitetura você precisa executar? - x86, PowerPC, MIPS, SPARC, ARM, AVR ...?
- você precisará de alguma coisa pelo menos remotamente em tempo real? Nesse caso, procure por um kernel em tempo real.
- você precisará de algum tipo de virtualização?
EDITAR: Se você precisa apenas executar uma estação de supervisão, a distribuição provavelmente não é muito importante. Você pode querer executá-lo separadamente de outros processos, por exemplo, ver controlando a prioridade dos aplicativos usando cgroups para algumas dicas; o material da estação de trabalho pode ser colocado, por exemplo, em um LXC separado.
Para controlar diretamente os periféricos (o que para mim não soa como um DCS), você pode precisar executá-lo em um kernel em tempo real para garantir a responsividade do (s) processo (s) de controle.