As quebras de linha inseridas pelo preenchimento automático não são diferentes das quebras de linha inseridas por outros métodos (digitado, copiado-colado, de pesquisa e substituição,…). Pelo que você descreve, parece que o que você está tentando fazer é substituir as quebras de linha única por espaços e deixar várias quebras de linha consecutivas sozinhas. Você pode fazer isso com um substituto de expressão regular, mas não é muito mais simples do que você está fazendo. Chame M-x replace-regexp (ou M-% ) para substituir \(.\)^J\(.\) por (onde ^J é um caractere de nova linha literal, que você pode inserir digitando C-q C-j . Isso perderá algumas novas linhas se você tiver linhas contendo um único caractere, execute o comando uma segunda vez para substituí-los.