O seguinte deve fazer o que quiser:
rsync --recursive --prune-empty-dirs --include '*/' --include '*/B/**' --exclude '**' origin_path/ destination_path/
A primeira regra inclui todos os diretórios (caso contrário, o rsync não descerá aos diretórios de nível superior). A segunda regra inclui tudo em um subdiretório "B". A terceira regra exclui todo o resto. A opção --prune-empty-dirs
ignora os diretórios vazios (já que estamos incluindo todos os diretórios com a primeira regra).