É uma maneira obtusa de escrever tr -cd '\t\n -~' ...
-c
significa complemento, -d
significa excluir. Isso excluirá todos os caracteres, exceto tabulação, nova linha e caracteres imprimíveis ASCII (começando com espaço e terminando com til). Veja o homem ascii (7).
Ele também excluirá caracteres utf-8 imprimíveis, que são muito usados no moderno sistema Unix, então é um pouco exagerado.