Existem várias opções como ftp , rsync etc. mas a mais útil delas é a scp que vem pré-instalada com openssh package. A sintaxe é simples:
scp file.txt user@host:/folder/to/which/user/has/permissions
Existem alguns outros sinalizadores, por exemplo, se você estiver usando uma porta diferente de 22 para ssh , será necessário mencionar isso no comando com a opção -P .
scp -P PORT file.txt user@host:/folder/to/which/user/has/permissions
Para diretórios, é aconselhável arquivar pasta (s) em algum container. O mais fácil é um é tar :
tar -cvf myfolder.tar folder1 folder2 folderN
Em seguida, use scp para enviá-lo para outra máquina Linux (basta substituir file.txt por myfolder.tar ).