/usr/local/opt/coreutils/libexec/gnubin aparece em PATH mais de uma vez, então type -a analisa três vezes e informa que encontrou ls para cada uma delas.
Você pode inspecionar seu PATH ( echo "$PATH" ) para ver isso ou manipulá-lo para replicar e modificar o comportamento:
PATH=/bin:/bin type -a ls
PATH=/usr/local/opt/coreutils/libexec/gnubin:/bin type -a ls
Em algum lugar na configuração do seu ambiente, a variável está sendo definida mais de uma vez, possivelmente por ter executado um script automatizado que adicionou uma linha extra PATH=/usr/local/opt/coreutils/libexec/gnubin:$PATH algumas vezes.