Aqui está uma maneira, usando Awk:
awk '{$1=$1} 1' RS= File1 RS='\n' File2
MT MT MT GROUP1 GROUP1 GROUP2
FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
- leia
File1
no modo de parágrafo desativando o separador de registro - redefina o separador de registro padrão antes de ler
File2
- a ação
$1=$1
faz com que ambos os arquivos sejam reescritos com o separador de campos de saída padrão