Quantos arquivos você tem?
Não use o Windows para determinar os tamanhos. Use os comandos do Linux para determinar o espaço usado.
Em particular, o comando é
du -s /path/to/dir
ou para um resultado mais fácil de ler
du -sh /path/to/dir
Em geral, muitos arquivos pequenos gastarão mais espaço em disco do que alguns arquivos grandes, mas você precisaria de muitos arquivos muito pequenos para essa proporção.
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A partir da imagem que você adicionou (use o texto no futuro), parece que você tem a opção ext4 bigalloc
definida para um tamanho de alocação de 1 milhão.
bigalloc
This ext4 feature enables clustered block allocation, so that the unit of allocation is a power of two number of blocks. That is, each bit in the what had traditionally been known as the block allocation bitmap now indicates whether a cluster is in use or not, where a cluster is by default composed of 16 blocks. This feature can decrease the time spent on doing block allocation and brings smaller fragmentation, especially for large files. The size can be specified using the mke2fs -C option.