Sim, o caractere (\ r = ^ M = 0x0D) pertence à classe de caracteres space
". Permitir isso no segundo regex, com um caractere curinga:
sed -i.bak -E 's/[ \t]+.$/\r/' myfile
ou o caractere específico, como
sed -i.bak -E 's/[ \t]+\r$/\r/' myfile
Se o seu sed
não reconhecer a notação \r
, tente outro. como hex \x0D
ou octal 5
.