É possível que você esteja perdendo alguns links simbólicos; no meu sistema, há:
ln -s /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.181-3.b13.el6_10.x86_64/jre/bin/keytool /etc/alternatives/keytool
e
ln -s /etc/alternatives/keytool /usr/bin/keytool
onde se espera que os links simbólicos sejam gerenciados pelo gerenciador de pacotes.