Sua variável sem aspas $foo
está sujeita à divisão de palavras pelo shell, conforme explicado em detalhes em Por que meu script de shell sufoca em espaços em branco ou outros caracteres especiais? .
O uso de cotações impedirá isso:
echo "$foo" | sed "s|Line2|EXAMPLE|"
Note que você realmente não precisa de sed
para uma substituição tão simples - você pode usar a substituição de shell
foo="${foo/Line2/EXAMPLE}"