Para os arquivos de entrada simples que você publicou:
$ awk -F, 'NR==FNR {a[$1]=$0; next} $1 in a {$0=a[$1]} 1' file1.csv file2.csv
6,7,8
7,8,9
1,2,3
Observe que, em geral, o formato CSV permite separadores incorporados entre aspas e outros itens que podem tornar um simples script Awk inadequado