Seu arquivo .bashrc provavelmente terá finais de linha do DOS \r\n em vez de apenas \n . Pode ser que você tenha editado o arquivo com um editor de uma máquina DOS?
Você precisa limpá-lo executando dos2unix ~/.bashrc , o que converte \r\n em apenas \n . Você pode confirmar a presença de finais do DOS no arquivo executando o comando file ,
file ~/.bashrc
/home/user/.bashrc: UTF-8 Unicode text, with CRLF line terminators